馬祖是台灣的離島，與國內馬拉松場地比較，其地形高低起伏較大，為一挑戰型賽事，為配合天候，馬祖馬拉松訂於每年11月舉辦，希望藉由當地特色聚落文化、戰地景觀及閩東風俗民情，提高運動觀光能見度，因地形因素其相對挑戰難度亦較高，對於喜愛從事挑戰型路跑運動的民眾而言，相對具有很高的挑戰性。
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