展示內容主要規劃有七大展示主題： （一）海洋的澎湖： 1.發現澎湖（2.大航海時代3.唐山過澎湖（二）歷史風華： 1.軍事與生活2.探訪媽宮城）（三）天佑吾土： 1.信仰與崇拜2.與天同功-媽祖3.代天巡狩-王爺4.民俗紀事四）澎湖人的民俗與生活： 1.咱的年，咱的月（介紹澎湖每月的生業活動、民俗慶典、歲時節慶及生活諺語）2.做山-農的生活3.討海-漁的生活。

4.歌吹相聞（介紹澎湖的傳統戲曲與音樂及褒歌等）（五（萬年富貴、瓜瓞綿綿： 1.澎湖的聚落2.生命禮俗（（六）生活筆記： 1.文風教育（澎湖文教發展介紹，從明清、日治、民國等不同時期的教育發展、文石書院及澎湖的先賢）2.休閒娛樂（介紹澎湖的休閒娛樂，包括傳統娛樂、童玩、現代海上活動）3.健康日記（介紹澎湖的民俗醫療、澎湖的醫療院所）4.我家的生活寶貝（由民眾提供具特殊意義的生活器物展）5.館藏的生活寶貝（館內所藏生活器物）（七）澎湖論壇： 1.菊島大代誌（回顧菊島大代誌）2.願景澎湖。

3.澎湖劇場（以「菊島依戀」影片搭配文物、燈光演出，闡述年輕人對澎湖發展的情感對話。）