史蹟大樓一樓／

1.臺灣地形圖模型

2.史前遺址、平埔族、原住民族展示室

臺灣自明朝末年，開始有大量文獻記載，在此之前都屬史前時期，據考古學家研究，在距今約5萬年至1萬年的舊石器時代晚期，就開始有了人類活動的跡象。史前遺址從舊石器、新石器到金屬器時代，處處有先民活動遺址，為讓觀眾如臨現場，特別製作相關模型與圖表，以一窺臺灣人生命歷史的長河。

史蹟大樓二樓／

臺灣島因位於海洋樞紐，在17世紀開啟了東、西方不同勢力的進駐，而與本島原住民互相激盪出璀燦的海洋文化。本樓層分為「荷西、鄭氏時期展示室」、「清領時期展示室」及「臺灣原住民族與二二八展示室」。

1.荷西、鄭氏治臺時期展示室

2.清領臺時期展示室

3.臺灣原住民族與二二八展示室

史蹟大樓三樓／

1.日本及光復後時期展示室

2.臺灣歷史重要人物事件展示室

3.國定古蹟模型展示區